在邓小平理论和“三个代表”重要思想的指导下，在中国科协、卫生部和民政部的领导下，经过广大专家和会员们的努力工作，中华医学会2003年、2004年在完成了业务工作的同时，圆满地完成了政府交办的各项任务，使学会的工作进一步协调、健康和持续发展。
　　一、在处理突发公共卫生事件中发挥学术团体的重要作用
　　面对SARS突发公共卫生危机，学会在做好机关防控工作的同时，充分发挥了学术团体的作用。向公众、向社会证明，在突发公共卫生危机面前，学术团体是可以大有作为的。
　　（一）发挥学会优势，为政府防治SARS科学决策提供依据
　　自2003年5月10日起，接受卫生部的委托，先后组织专家分别对有关SARS诊疗的10个项目开展了讨论；对传染性非典型肺炎的科学命名，对中国发生猴痘天花的风险及诊断、治疗、转送等问题进行了讨论，并提出了诊疗方案。这些研讨和论证，为卫生部进行决策提供了科学依据。
　　受卫生部委托，组织全国有关权威专家对《传染性非典型肺炎临床诊断标准（试行）》和《传染性非典型肺炎推荐治疗方案》进行修订和完善。报卫生部定稿后，卫生部、国家中医药管理局联合发出“关于推荐新修订的《传染性非典型肺炎（SARS）诊疗方案》的通知”，向全国推荐。
　　（二）利用民间组织的身分，在协助政府做好对台工作方面发挥了特殊作用
　　由于台湾当局借SARS疫情作政治文章，使政府在一些问题的处理上更要考虑策略。在这个特殊时期、特殊问题的处理上，中华医学会以国家利益高于一切、台湾同胞和同道的利益高于一切的精神，积极配合政府工作，凸显学会的地位和作用。以中华医学会名义，向台湾感染症医学会等十几家单位及个人发出慰问信；向台湾捐赠5万件防护服和5万个口罩；协助转发WHO-SARS会议给台湾医生的邀请信等。国务院对台办公室对中华医学会在SARS期间所做的工作表示满意。
　　（三）协助政府推进中国与港澳地区及有关国家在SARS防治上的合作
　　卫生部主办，中华医学会协办了东盟与中日韩国家非典型肺炎研讨会。吴仪副总理出席会议，会同来自世界卫生组织、美国、英国、法国、蒙古及俄罗斯的相关专家共同研讨，为进一步提高国际社会对我国及其他国家SARS疫情的认识，推动在SARS防治和科研上的经验交流和国际合作，探讨建立东亚以及国际间疾病预防控制的合作机制，起到了积极的作用。得到了卫生部的充分肯定和好评。
　　（四）体现会员之家的凝聚力，在医务工作者中开展宣传慰问活动
　　与中华预防医学会等联合发出致战斗在防治SARS第一线的医务工作者的慰问信；在中国科协安排下，通过地方医学会向七省市发出慰问信和慰问金。通过卫生部防治SARS领导小组，向北京市奋战在抗击SARS一线的医护人员捐赠了价值150万元的免疫调节剂和价值15万元的巧克力。《中华医学信息导报》先后发表了10篇人物专访宣扬一线医护人员的英勇事迹，学会网站也及时转载。北京双解除后，组织北京38名抗SARS一线人员到贵州度假。
　　（五）利用学会整体优势，围绕SARS的科研与防治，开展多种形式的学术交流
　　学会主办的期刊、网站和出版的电子音像制品等媒介在这个特殊时期发挥了重要的作用。学会系列杂志本着确保质量、特事特办的原则，积极跟踪有关SARS预防和控制的各项研究工作，努力获取来自第一线的各种学术信息，经过“快速通道”审稿刊用的SARS研究论文近百篇，选择已经发表和确定发表的论文67篇，结集出版了《中华医学会系列杂志SARS研究论文集》，将17500本赠送抗击SARS第一线的临床医生，并赶印繁体500本赠送港澳台同道。
　　中华医学电子音像出版社举办了“2003年急危重症论坛”会议，并将会议内容制作成VCD发行；承制《海峡两岸预防控制SARS学术研讨会》会议录像，于4月25日晚在北京电视台7频道播出；将千龙新闻网直播的节目“中华医学会专家谈如何预防和治疗SARS”制作成VCD，发行过万张。
　　（六）发挥医学科普主力军的作用，搞好SARS的科普宣传
　　制作了防治SARS的VCD、DVD光盘7种近4万张发往全国各地；接受科技部、卫生部委托，组织医学专家完成了三种《预防非典大众指南》小折页，向全国各省市印发36万份，并在科技部、医学会网站上公开发布；联系CCTV东方时空栏目，连播了5次 “农村防治非典，必须依靠科学破除迷信”节目。编辑制作了中国科协面向农村群众和基层医生的3个科普项目；协助科技部制作科技周宣传画。
由于学会做了大量卓有成效的工作，向社会充分展示了中华医学会对社会负责、对人民健康负责的良好形象，被中国科协评为“防治非典型先进学会” 、被民政部评为“抗击非典先进全国性社会团体”。吴仪副总理在中华医学会第23次全国会员代表大会暨成立90周年庆典开幕式上指出：“中华医学会组织多学科专业的专家进行科技攻关，编写了诊疗方案，举办国际学术研讨会，为最终战胜SARS做出了卓越的贡献”。
　　二、以组织建设和学术交流为基础保证学会的可持续发展
　　（一）加强学会组织建设
　　组织建设一直是学会工作的重点。按计划召开了2003年、2004年全国地方医学会秘书长和各专科主委、秘书会议。完成了会员重新统计工作，截止2003年11月底我会共有普通会员430277人。两年来有35个专科分会完成了换届选举，新批准组建了妇科肿瘤学、肠外肠内营养学、危重病学、生殖医学等4个专科分会，对82个专科分会重新进行学组登记，5个专科分会已经着手发展。修订了《中华医学会专科分会管理规定》。2004年有20个专科分会已开始制定发展专科会员的条例及实施办法，进行专科会员试点并推广，截止2004年9月共发展专科会员4617名。2004年加强了为专科分会的服务工作，把分会管理工作和服务工作有机结合起来，认真贯彻“中华医学会关于委托地方医学会承办学术活动的管理方法”，进一步理顺与各地方医学会的关系，基本完成了原定的年度学术计划项目。2004年发展团体会员33个，31个省及副省级城市医学会、军医学会、口腔医学会成为我会团体会员。编印了《中华医学会专科分会会史》。
　　2005年4月，顺利召开了中华医学会第23次全国会员代表大会暨成立90周年庆典，产生了新一届领导班子，新一届理事会。制定了新的工作规划。
　　（二）积极开展学术交流活动
　　1、国内学术交流:两年来共组织国内学术交流、研讨及论坛200多次，有十几个学术会议达到了相当的规模。部分学术会议与国际接轨，增加了现场演示，有的会议还组织中青年优秀壁报和论文的评选，为青年人才搭建展示的平台。2003年10月召开的第九次全国糖尿病学术会议，全国1800多名医生出席了会议，提交学术论文1400多篇，成为国内糖尿病学界一次重要的盛会。2003年9月召开的全国麻醉学术年会，大陆及港、澳、台1400余名代表参加了会议，会议收到论文1700余篇。2004年召开的中华医学会第六届全国呼吸病学学术会议。来自31个省、市、自治区的1 400多位代表出席了会议。