根据人事部、科技部、教育部、财政部、国家发展与改革委员会、国家自然科学基金委员会、中国科协《关于公布2006年“新世纪百千万人才工程”国家级人选的通知》（国人部发[2006]96号），2006年“新世纪百千万人才工程”国家级人选中，中国青年科技奖获得者有64人。其中，中国科协推荐的9人。

　　这64名入选者是（按姓氏笔画排序）：
　　马文丽            元    峰          孔祥银            王如竹           王明洋
　　史    琳            刘庆峰          刘昌胜            刘明远           刘祖国
　　孙宝国            孙凝晖          朱永官            朱兴全           朱党生
　　阮双琛            宋金明          应明生            张    军            张天真
　　张亚平            张润志          李    松            李太生            李有泉
　　李建成            李旺兴          李拴科            杜志岐            沈志强
　　陈    戈            陈华清          陈建峰            周    琪            周东华
　　周忠和            周厚贵          孟    光            宗传明            郑少泉
　　封东来            段宇宁          祝学军            胡春宏            胡振琪
　　赵东元            赵明辉          赵春华            赵跃民            唐世明
　　翁旭初            谈哲敏          高    松            高    福            高永涛
　　曹    荣            梅    宏          曾本银            程杰成            廖建新
　　廖湘科            谯仕彦          薛勇彪            戴民汉