在全国人民满怀信心地投入第七个五年计划建设和中共中央对科学技术体制进行改革的形势下，中国科协第三次全国代表大会于1986年6月23日至27日在北京召开。出席大会的代表8231中，特邀代表213名。
　　大会的中心任务是：动员全国科技工作者团结奋斗，投身改革，为“七五”计划贡献才智。大会的主要议程有：听取和审议中国科协第二届全国委员会的工作报告；修订《中国科学技术协会章程》（本条简称《章程》）；选举中国科协新的全国委员会。会上，严济慈致开幕词，中共中央政治局委员、书记处书记胡启立代表中共中央、国务院作重要讲话。周培源作题为《团结奋斗，为实现“七五”计划贡献才智》的工作报告。国家科委主任宋健作《科学技术施惠人间的桥梁》的讲话。中华全国总工会、共青团中央、中华全国妇女联合会、中华全国归国华侨联合会、中国人民解放军总政治部等单位先后向大会致祝词。大会选出了第三届全国委员会委员277人，通过了新的《章程》。钱学森致大会闭幕词。大会闭幕时邓小平、彭真、邓颖超、乌兰夫等党和国家领导人会见了全体代表。
　　6月27日中国科协三届一次全委会议选出主席、副主席和常务委员45人，钱学森为主席。会议还推举周培源、严济慈、茅以升为中国科协名誉主席，推举王顺桐等14人为荣誉委员。6月28日，召开了第三届全国委员会第一次会议，选举钱学森为主席，王大珩、卢嘉锡、朱光亚、庄逢甘、吴阶平、何康、张维、林兰英、钱三强、高镇宁、唐敖庆、曹天钦、裘维蕃、路甬祥14人为副主席。选举常务委员45人。
　　先后担任三届书记处书记的有：
　　高镇宁、高潮、陈绳武、李宝恒、曹令中、陈泓（女）、刘恕（女）。
　　特邀顾问：鲍奕珊。